你的意思概括起来挺简单，就是：以该公司名义，由你负责二部项目运作。根据你的想法，给你几点建议，供你参考：

1、合作需以双赢为前提，因此协议必须充分体现双方合作的双赢理念，这是合作的基础。因此，无论你想通过合作或新协议得到什么，你首先得想好通过这个项目，你能给对方带来什么好处。例如，根据销售收入的一定百分比向对方支付管理费，或者项目按年或结束时双方按事先约定分享利润等（你一定能有更好的主意）。

2、无论你是否有其它收入来源，这都与二部项目本身无关，不能混为一谈。你想让哪些费用由二部项目承担，可以与对方事先商议，再写入协议。基本原则是：与项目有关的费用、合理的费用，应由该项目承担，但无关的费用则不应列入项目费用。

3、要在协议中明确该项目的运作模式。例如，所有对外联络、业务运作和文件签署以合作公司名义进行，而项目实际运作则由你全权负责。要在协议中明确，在这种模式下双方各自的权利义务。

因为不了解具体情况，只能粗粗地给点建议，供你参考。

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